(sperrorest) Spatial "disc" resampling

Spatial partitioning using circular test areas of one of more observations. Optionally, a buffer around the test area can be used to exclude observations. See the upstream implementation at sperrorest::partition_disc() and Brenning (2012) for further information.

Parameters

• folds (integer(1))
  Number of folds.

• radius (numeric(1))
  Radius of test area disc.

• buffer (integer(1))
  Radius around test area disc which is excluded from training or test set.

• prob (integer(1))
  Optional argument passed down to sample().

• replace (logical(1))
  Optional argument passed down to sample(). Sample with or without replacement.

References

Brenning A (2012). “Spatial cross-validation and bootstrap for the assessment of prediction rules in remote sensing: The R package sperrorest.” In 2012 IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium. doi:10.1109/igarss.2012.6352393 .

Super class

mlr3::Resampling -> ResamplingSpCVDisc

Active bindings

iters

integer(1)
Returns the number of resampling iterations, depending on the values stored in the param_set.

Methods

Public methods

• ResamplingSpCVDisc$new()

• ResamplingSpCVDisc$instantiate()

• ResamplingSpCVDisc$clone()

Inherited methods

• mlr3::Resampling$format()
• mlr3::Resampling$help()
• mlr3::Resampling$print()
• mlr3::Resampling$test_set()
• mlr3::Resampling$train_set()

---

Method new()

Create a "Spatial 'Disc' resampling" resampling instance.

For a list of available arguments, please see sperrorest::partition_disc.

Usage

ResamplingSpCVDisc$new(id = "spcv_disc")

Arguments

id

character(1)
Identifier for the resampling strategy.

---

Method instantiate()

Materializes fixed training and test splits for a given task.

Usage

ResamplingSpCVDisc$instantiate(task)

Arguments

task

mlr3::Task
A task to instantiate.

---

Method clone()

The objects of this class are cloneable with this method.

Usage

ResamplingSpCVDisc$clone(deep = FALSE)

Arguments

deep

Whether to make a deep clone.

Examples

library(mlr3)
task = tsk("ecuador")

# Instantiate Resampling
rcv = rsmp("spcv_disc", folds = 3L, radius = 200L, buffer = 200L)
rcv$instantiate(task)

# Individual sets:
rcv$train_set(1)
#>   [1]   1   2   3   4   5   6   7   8  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19
#>  [19]  20  21  22  23  24  25  26  27  28  29  31  32  33  34  35  36  37  38
#>  [37]  39  40  41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54  55  56
#>  [55]  57  58  59  60  61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72  73  74
#>  [73]  75  76  77  78  79  80  82  83  84  85  86  87  88  89  90  91  93  94
#>  [91]  95  96  97  98  99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112
#> [109] 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130
#> [127] 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148
#> [145] 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 161 162 163 164 165 166 167 168
#> [163] 169 170 171 172 174 175 176 177 178 180 181 182 183 184 185 186 187 188
#> [181] 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 206 207 208
#> [199] 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226
#> [217] 227 229 230 231 232 233 234 235 236 238 239 240 241 242 243 244 245 246
#> [235] 247 248 249 250 251 252 253 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265
#> [253] 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 277 278 279 280 281 282 283 284
#> [271] 285 286 287 288 289 290 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 305 306
#> [289] 307 308 309 310 311 312 313 314 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325
#> [307] 326 327 328 329 330 331 332 334 336 337 338 341 342 343 344 345 346 347
#> [325] 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365
#> [343] 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 381 382 383 384
#> [361] 385 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403
#> [379] 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421
#> [397] 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 438 439 440 441
#> [415] 442 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 458 459 460 461
#> [433] 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479
#> [451] 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497
#> [469] 498 499 500 501 502 503 504 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515
#> [487] 516 517 518 519 520 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534
#> [505] 535 536 537 538 539 540 541 542 543 544 545 546 547 548 549 550 552 553
#> [523] 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571
#> [541] 572 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 588 589 590
#> [559] 591 592 593 594 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608
#> [577] 609 610 611 612 613 614 615 617 618 619 620 621 623 624 625 626 627 628
#> [595] 629 630 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646
#> [613] 647 648 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664
#> [631] 665 666 667 668 669 670 671 672 673 674 676 677 678 679 680 681 682 683
#> [649] 684 685 686 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701
#> [667] 702 703 704 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714 715 716 717 718 719
#> [685] 720 721 723 724 725 726 727 728 729 730 731 732 733 734 735 736 737 738
#> [703] 739 740 741 742 743 744 745 746 747 748 749 750 751
rcv$test_set(1)
#>  [1]   9  30  92 173 179 189 205 228 237 254 276 291 293 304 315 333 335 339 340
#> [20] 380 386 437 443 457 722
# check that no obs are in both sets
intersect(rcv$train_set(1), rcv$test_set(1)) # good!
#> integer(0)

# Internal storage:
rcv$instance # table
#> $test
#> $test[[1]]
#>  [1]   9  30  92 173 179 189 205 228 237 254 276 291 293 304 315 333 335 339 340
#> [20] 380 386 437 443 457 722
#> 
#> $test[[2]]
#>  [1]   2  18 129 268 281 346 370 373 412 422 423 518 737
#> 
#> $test[[3]]
#>  [1]  25  32 118 221 224 251 266 377 406 411 433 468 480 541
#> 
#> 
#> $train
#> $train[[1]]
#>   [1]   1   2   3   4   5   6   7   8  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19
#>  [19]  20  21  22  23  24  25  26  27  28  29  31  32  33  34  35  36  37  38
#>  [37]  39  40  41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54  55  56
#>  [55]  57  58  59  60  61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72  73  74
#>  [73]  75  76  77  78  79  80  82  83  84  85  86  87  88  89  90  91  93  94
#>  [91]  95  96  97  98  99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112
#> [109] 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130
#> [127] 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148
#> [145] 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 161 162 163 164 165 166 167 168
#> [163] 169 170 171 172 174 175 176 177 178 180 181 182 183 184 185 186 187 188
#> [181] 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 206 207 208
#> [199] 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226
#> [217] 227 229 230 231 232 233 234 235 236 238 239 240 241 242 243 244 245 246
#> [235] 247 248 249 250 251 252 253 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265
#> [253] 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 277 278 279 280 281 282 283 284
#> [271] 285 286 287 288 289 290 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 305 306
#> [289] 307 308 309 310 311 312 313 314 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325
#> [307] 326 327 328 329 330 331 332 334 336 337 338 341 342 343 344 345 346 347
#> [325] 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365
#> [343] 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 381 382 383 384
#> [361] 385 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403
#> [379] 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421
#> [397] 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 438 439 440 441
#> [415] 442 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 458 459 460 461
#> [433] 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479
#> [451] 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497
#> [469] 498 499 500 501 502 503 504 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515
#> [487] 516 517 518 519 520 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534
#> [505] 535 536 537 538 539 540 541 542 543 544 545 546 547 548 549 550 552 553
#> [523] 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571
#> [541] 572 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 588 589 590
#> [559] 591 592 593 594 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608
#> [577] 609 610 611 612 613 614 615 617 618 619 620 621 623 624 625 626 627 628
#> [595] 629 630 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646
#> [613] 647 648 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664
#> [631] 665 666 667 668 669 670 671 672 673 674 676 677 678 679 680 681 682 683
#> [649] 684 685 686 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701
#> [667] 702 703 704 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714 715 716 717 718 719
#> [685] 720 721 723 724 725 726 727 728 729 730 731 732 733 734 735 736 737 738
#> [703] 739 740 741 742 743 744 745 746 747 748 749 750 751
#> 
#> $train[[2]]
#>   [1]   1   3   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  19  20  21
#>  [19]  22  23  24  25  26  27  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40
#>  [37]  41  42  43  44  45  46  47  49  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60
#>  [55]  61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72  73  74  75  76  77  78
#>  [73]  79  80  81  82  83  84  85  86  87  88  90  91  92  93  94  95  96  97
#>  [91]  98  99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115
#> [109] 116 117 118 119 121 122 123 124 125 128 130 132 133 134 136 137 139 140
#> [127] 141 142 143 144 145 146 147 148 149 151 152 153 154 155 156 157 158 159
#> [145] 160 161 162 163 164 165 166 167 168 170 171 172 173 174 175 176 177 178
#> [163] 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196
#> [181] 197 198 199 200 201 202 203 204 205 207 208 209 210 211 212 213 214 215
#> [199] 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233
#> [217] 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251
#> [235] 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 269 270
#> [253] 272 273 274 275 276 277 278 279 280 282 283 284 285 286 287 288 289 290
#> [271] 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308
#> [289] 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327
#> [307] 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345
#> [325] 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 359 360 361 362 363 364 365 366
#> [343] 367 368 369 371 372 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386
#> [361] 387 388 389 390 391 392 393 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405
#> [379] 406 407 408 409 410 411 413 414 415 416 417 418 419 420 421 424 425 426
#> [397] 427 428 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445
#> [415] 446 447 448 449 450 451 452 453 454 456 457 458 459 460 461 462 463 464
#> [433] 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482
#> [451] 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500
#> [469] 501 502 503 504 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517 519
#> [487] 520 521 522 524 525 526 527 528 530 532 533 534 535 536 537 538 539 540
#> [505] 541 542 543 544 545 546 547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558
#> [523] 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576
#> [541] 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588 589 590 591 592 593 594
#> [559] 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 611 612
#> [577] 613 614 615 616 617 618 619 620 621 622 624 625 626 627 628 629 630 631
#> [595] 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647 648 649
#> [613] 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 662 663 664 665 666 667 668
#> [631] 669 670 671 672 673 674 675 676 677 678 679 680 681 682 683 684 685 686
#> [649] 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701 702 703 704
#> [667] 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714 715 716 717 718 719 720 721 722
#> [685] 723 724 725 726 728 729 730 731 732 733 734 735 736 738 739 740 741 742
#> [703] 743 744 745 746 747 748 749 750 751
#> 
#> $train[[3]]
#>   [1]   1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18
#>  [19]  19  20  21  22  23  26  27  28  29  30  31  33  34  35  36  37  38  39
#>  [37]  40  41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54  55  56  57
#>  [55]  58  59  60  61  62  64  65  66  67  68  69  70  71  72  73  74  75  76
#>  [73]  77  78  79  80  81  82  83  84  85  86  87  88  89  90  91  92  93  94
#>  [91]  95  96  97  98  99 100 101 102 103 105 106 107 108 109 110 111 112 113
#> [109] 114 115 116 117 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132
#> [127] 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150
#> [145] 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 162 163 164 165 166 167 168 169
#> [163] 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187
#> [181] 188 189 190 191 193 194 195 196 197 198 199 201 202 203 204 205 206 207
#> [199] 208 209 210 211 212 213 216 217 218 219 220 222 223 225 226 227 228 229
#> [217] 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 247 248
#> [235] 249 250 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 267 268
#> [253] 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 280 281 282 283 284 285 286 287
#> [271] 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 307
#> [289] 308 309 310 311 312 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326
#> [307] 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344
#> [325] 345 346 347 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363
#> [343] 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 378 379 380 381 382
#> [361] 383 384 385 386 387 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401
#> [379] 402 403 404 405 407 408 409 410 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421
#> [397] 422 423 424 425 426 427 428 429 431 432 434 435 436 437 438 439 440 441
#> [415] 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459
#> [433] 461 462 463 464 465 466 467 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479
#> [451] 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498
#> [469] 499 500 501 502 503 504 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516
#> [487] 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534
#> [505] 535 536 537 538 539 540 542 543 544 545 546 547 548 549 550 551 552 553
#> [523] 554 555 556 557 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572
#> [541] 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588 589 590
#> [559] 591 592 593 594 595 596 597 599 600 601 602 603 604 605 606 608 609 610
#> [577] 611 612 613 614 615 616 618 619 620 621 622 623 624 625 626 627 628 629
#> [595] 630 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647
#> [613] 648 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664 665
#> [631] 666 667 668 669 670 671 672 673 674 675 676 677 678 679 680 681 682 683
#> [649] 684 685 686 687 688 689 690 691 692 694 695 696 697 698 699 700 701 702
#> [667] 703 704 705 706 707 708 709 710 711 713 714 715 716 717 718 719 720 721
#> [685] 722 723 724 725 727 728 729 731 732 733 734 735 736 737 738 739 740 741
#> [703] 742 743 744 745 746 747 748 749 750 751
#> 
#>