Skip to contents

(CAST) "Leave-location-and-time-out" resampling

(CAST) "Leave-location-and-time-out" resampling

Note

Standard k-fold cross-validation can lead to considerable misinterpretation in spatial-temporal modelling tasks. This function can be used to prepare a Leave-Location-Out, Leave-Time-Out or Leave-Location-and-Time-Out cross-validation as target-oriented validation strategies for spatial-temporal prediction tasks. See Meyer et al. (2018) for further information.

mlr3spatiotempcv notes

The 'Description', 'Details' and 'Note' fields are inherited from the respective upstream function.

For a list of available arguments, please see CAST::CreateSpacetimeFolds.

References

Meyer H, Reudenbach C, Hengl T, Katurji M, Nauss T (2018). “Improving performance of spatio-temporal machine learning models using forward feature selection and target-oriented validation.” Environmental Modelling & Software, 101, 1--9. doi: 10.1016/j.envsoft.2017.12.001 .

Super class

mlr3::Resampling -> ResamplingSptCVCstf

Active bindings

iters

integer(1)
Returns the number of resampling iterations, depending on the values stored in the param_set.

Methods

Inherited methods


Method new()

Create a "Spacetime Folds" resampling instance.

For a list of available arguments, please see CAST::CreateSpacetimeFolds.

Usage

ResamplingSptCVCstf$new(id = "sptcv_cstf")

Arguments

id

character(1)
Identifier for the resampling strategy.


Method instantiate()

Materializes fixed training and test splits for a given task.

Usage

ResamplingSptCVCstf$instantiate(task)

Arguments

task

Task
A task to instantiate.


Method clone()

The objects of this class are cloneable with this method.

Usage

ResamplingSptCVCstf$clone(deep = FALSE)

Arguments

deep

Whether to make a deep clone.

Examples

library(mlr3)
task = tsk("cookfarm")

# Instantiate Resampling
rcv = rsmp("sptcv_cstf",
  folds = 5,
  time_var = "Date", space_var = "SOURCEID")
rcv$instantiate(task)

# Individual sets:
rcv$train_set(1)
#>   [1]   3   5   6   7   8   9  10  13  14  16  18  19  21  22  23  24  28  29
#>  [19]  30  33  35  36  38  39  40  42  43  44  45  46  47  48  50  54  55  56
#>  [37]  57  58  59  62  63  64  69  71  72  74  75  76  77  81  83  84  85  86
#>  [55]  88  90  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100 102 104 106 107 108 109
#>  [73] 110 112 113 114 118 119 120 122 123 124 125 126 127 128 129 130 132 135
#>  [91] 136 138 139 140 141 142 143 145 146 147 148 149 151 152 154 156 157 158
#> [109] 159 160 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 173 174 175 177 178 179
#> [127] 180 183 185 187 188 189 194 195 197 198 199 201 202 203 204 205 207 208
#> [145] 212 213 214 216 217 218 220 223 224 226 229 230 231 232 233 235 236 237
#> [163] 238 239 241 245 246 247 248 251 252 253 256 257 258 259 260 263 266 268
#> [181] 269 271 272 273 274 275 276 277 278 279 281 282 283 285 286 287 289 290
#> [199] 292 294 296 299 300 302 303 305 307 308 310 311 312 314 316 317 318 319
#> [217] 320 321 323 326 329 333 334 335 340 341 343 344 345 346 348 349 351 352
#> [235] 353 354 355 356 358 359 362 364 365 367 368 370 371 372 373 374 375 376
#> [253] 377 378 379 381 382 383 384 385 387 388 391 392 393 395 398 399 402 403
#> [271] 404 405 407 409 410 411 412 414 416 417 418 419 421 422 423 424 425 426
#> [289] 427 429 431 434 436 437 438 440 441 443 444 445 446 447 449 450 451 452
#> [307] 453 454 455 456 458 459 460 461 464 465 468 469 470 471 474 476 477 478
#> [325] 480 481 482 483 484 485 486 487 490 491 492 493 496 497 500
rcv$test_set(1)
#>  [1]  26  70 117 161 181 192 196 222 242 243 298 347 350 363 369 389 401 430
# check that no obs are in both sets
intersect(rcv$train_set(1), rcv$test_set(1)) # good!
#> integer(0)

# Internal storage:
rcv$instance # table
#> $test
#> $test[[1]]
#>  [1]  26  70 117 161 181 192 196 222 242 243 298 347 350 363 369 389 401 430
#> 
#> $test[[2]]
#>  [1]  21  40  59  97 142 216 263 287 349 359 364 372 385 402 429 454 464 471 497
#> 
#> $test[[3]]
#>  [1]   8  38  54  72 122 152 171 174 180 224 233 355 375 378 384 410 416 444 483
#> 
#> $test[[4]]
#>  [1]  19  84  90 100 125 187 241 312 318 341 368 388 395 405 441 443 449 470 481
#> 
#> $test[[5]]
#>  [1]   6  23  44 112 124 236 271 276 310 334 367 382 417 434 476 492
#> 
#> 
#> $train
#> $train[[1]]
#>   [1]   3   5   6   7   8   9  10  13  14  16  18  19  21  22  23  24  28  29
#>  [19]  30  33  35  36  38  39  40  42  43  44  45  46  47  48  50  54  55  56
#>  [37]  57  58  59  62  63  64  69  71  72  74  75  76  77  81  83  84  85  86
#>  [55]  88  90  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100 102 104 106 107 108 109
#>  [73] 110 112 113 114 118 119 120 122 123 124 125 126 127 128 129 130 132 135
#>  [91] 136 138 139 140 141 142 143 145 146 147 148 149 151 152 154 156 157 158
#> [109] 159 160 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 173 174 175 177 178 179
#> [127] 180 183 185 187 188 189 194 195 197 198 199 201 202 203 204 205 207 208
#> [145] 212 213 214 216 217 218 220 223 224 226 229 230 231 232 233 235 236 237
#> [163] 238 239 241 245 246 247 248 251 252 253 256 257 258 259 260 263 266 268
#> [181] 269 271 272 273 274 275 276 277 278 279 281 282 283 285 286 287 289 290
#> [199] 292 294 296 299 300 302 303 305 307 308 310 311 312 314 316 317 318 319
#> [217] 320 321 323 326 329 333 334 335 340 341 343 344 345 346 348 349 351 352
#> [235] 353 354 355 356 358 359 362 364 365 367 368 370 371 372 373 374 375 376
#> [253] 377 378 379 381 382 383 384 385 387 388 391 392 393 395 398 399 402 403
#> [271] 404 405 407 409 410 411 412 414 416 417 418 419 421 422 423 424 425 426
#> [289] 427 429 431 434 436 437 438 440 441 443 444 445 446 447 449 450 451 452
#> [307] 453 454 455 456 458 459 460 461 464 465 468 469 470 471 474 476 477 478
#> [325] 480 481 482 483 484 485 486 487 490 491 492 493 496 497 500
#> 
#> $train[[2]]
#>   [1]   1   2   3   6   8   9  11  13  16  17  18  19  20  22  23  25  26  27
#>  [19]  30  31  32  33  34  37  38  41  44  45  46  48  49  51  52  54  56  57
#>  [37]  58  60  61  62  63  64  65  66  68  70  72  73  77  78  79  80  82  83
#>  [55]  84  85  86  87  88  89  90  91  92  95  99 100 101 103 105 111 112 114
#>  [73] 116 117 118 120 121 122 124 125 126 129 130 131 132 134 135 136 137 138
#>  [91] 140 141 144 145 146 147 148 149 152 154 155 157 159 160 161 162 164 166
#> [109] 167 169 171 172 174 175 177 180 181 185 186 187 188 190 192 193 194 196
#> [127] 200 205 209 211 212 215 219 222 223 224 225 226 227 228 229 231 233 235
#> [145] 236 239 240 241 242 243 244 246 248 249 250 251 254 255 256 257 258 260
#> [163] 261 262 264 265 266 267 270 271 272 274 276 277 278 280 281 285 286 288
#> [181] 290 292 293 294 295 296 298 300 301 303 304 306 307 310 312 314 315 316
#> [199] 318 320 321 322 323 324 326 327 328 334 335 337 339 340 341 342 347 348
#> [217] 350 353 355 357 358 360 361 362 363 365 366 367 368 369 370 371 374 375
#> [235] 377 378 379 380 381 382 384 386 387 388 389 391 393 394 395 396 400 401
#> [253] 403 405 410 413 414 416 417 420 421 425 426 428 430 431 433 434 435 436
#> [271] 437 438 439 440 441 443 444 448 449 450 451 453 456 457 459 461 462 469
#> [289] 470 472 473 475 476 478 479 480 481 482 483 485 486 488 489 491 492 493
#> [307] 495 498 499 500
#> 
#> $train[[3]]
#>   [1]   1   2   4   5   6   7  10  11  12  14  15  17  18  19  20  21  23  24
#>  [19]  26  27  29  31  32  33  34  35  36  37  39  40  42  44  45  49  50  51
#>  [37]  52  53  55  59  61  66  67  68  69  70  71  73  76  77  79  80  81  83
#>  [55]  84  87  90  94  96  97  99 100 102 103 104 106 107 108 109 110 111 112
#>  [73] 113 114 115 116 117 119 123 124 125 127 131 132 133 134 135 136 137 139
#>  [91] 142 143 144 145 146 150 153 155 156 158 160 161 162 165 167 170 172 176
#> [109] 178 179 181 182 183 184 186 187 189 191 192 193 194 195 196 197 200 201
#> [127] 203 204 206 207 208 209 210 211 213 214 216 218 219 221 222 223 228 232
#> [145] 234 235 236 239 240 241 242 243 244 245 248 249 250 252 253 254 255 256
#> [163] 257 259 260 261 262 263 265 267 270 271 272 274 276 277 278 281 282 283
#> [181] 284 287 288 289 290 291 296 297 298 301 302 304 305 306 307 309 310 312
#> [199] 313 317 318 319 320 322 325 327 328 330 331 332 334 336 337 338 340 341
#> [217] 343 345 347 348 349 350 352 356 357 359 362 363 364 366 367 368 369 370
#> [235] 372 374 376 379 380 381 382 383 385 386 388 389 390 391 392 393 394 395
#> [253] 396 397 398 399 401 402 403 404 405 406 408 409 411 413 415 417 418 419
#> [271] 420 421 422 423 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 438 439 441 442
#> [289] 443 445 446 448 449 450 452 453 454 455 458 460 463 464 465 466 467 469
#> [307] 470 471 472 473 476 477 479 480 481 484 485 488 490 491 492 494 495 497
#> [325] 498
#> 
#> $train[[4]]
#>   [1]   2   4   5   6   8  12  13  14  15  17  20  21  22  23  25  26  28  29
#>  [19]  37  38  40  41  43  44  46  47  48  50  53  54  55  56  57  58  59  60
#>  [37]  62  64  65  66  67  70  72  73  74  75  76  78  79  80  82  85  89  91
#>  [55]  92  93  97  98 101 102 105 109 110 111 112 115 117 118 120 121 122 124
#>  [73] 127 128 129 131 133 134 137 138 140 141 142 143 144 147 149 150 151 152
#>  [91] 153 154 155 157 161 163 164 166 168 170 171 173 174 175 176 178 180 181
#> [109] 182 183 184 185 186 188 190 191 192 193 195 196 197 198 199 201 202 203
#> [127] 205 206 207 209 210 214 215 216 217 219 220 221 222 224 225 227 228 230
#> [145] 231 232 233 234 236 237 238 242 243 247 249 255 259 262 263 264 266 267
#> [163] 268 269 271 273 275 276 279 280 282 284 285 287 288 289 291 292 293 295
#> [181] 297 298 299 302 305 308 309 310 311 313 314 315 316 322 324 325 326 328
#> [199] 329 330 331 332 333 334 335 336 338 339 342 343 344 346 347 349 350 351
#> [217] 354 355 356 357 359 360 361 363 364 366 367 369 371 372 373 375 376 378
#> [235] 382 383 384 385 389 390 396 397 398 400 401 402 404 406 407 408 410 412
#> [253] 413 414 415 416 417 419 420 422 423 424 427 428 429 430 432 433 434 440
#> [271] 442 444 447 451 452 454 455 457 458 460 462 463 464 466 467 468 471 472
#> [289] 473 474 475 476 478 483 487 489 492 494 496 497 499
#> 
#> $train[[5]]
#>   [1]   1   3   4   7   8   9  10  11  12  15  16  19  21  24  25  26  27  28
#>  [19]  30  31  32  34  35  36  38  39  40  41  42  43  47  49  51  52  53  54
#>  [37]  59  60  61  63  65  67  68  69  70  71  72  74  75  78  81  82  84  86
#>  [55]  87  88  89  90  93  94  95  96  97  98 100 101 103 104 105 106 107 108
#>  [73] 113 115 116 117 119 121 122 123 125 126 128 130 133 139 142 148 150 151
#>  [91] 152 153 156 158 159 161 163 165 168 169 171 172 173 174 176 177 179 180
#> [109] 181 182 184 187 189 190 191 192 196 198 199 200 202 204 206 208 210 211
#> [127] 212 213 215 216 217 218 220 221 222 224 225 226 227 229 230 233 234 237
#> [145] 238 240 241 242 243 244 245 246 247 250 251 252 253 254 258 261 263 264
#> [163] 265 268 269 270 273 275 279 280 283 284 286 287 291 293 294 295 297 298
#> [181] 299 300 301 303 304 306 308 309 311 312 313 315 317 318 319 321 323 324
#> [199] 325 327 329 330 331 332 333 336 337 338 339 341 342 344 345 346 347 349
#> [217] 350 351 352 353 354 355 358 359 360 361 363 364 365 368 369 372 373 375
#> [235] 377 378 380 384 385 386 387 388 389 390 392 394 395 397 399 400 401 402
#> [253] 405 406 407 408 409 410 411 412 415 416 418 424 425 426 429 430 432 435
#> [271] 437 439 441 442 443 444 445 446 447 448 449 454 456 457 459 461 462 463
#> [289] 464 465 466 467 468 470 471 474 475 477 479 481 482 483 484 486 487 488
#> [307] 489 490 493 494 495 496 497 498 499 500
#> 
#>